AG Resistenzforschung

Zielsetzung

AREVIR ist ein interdisziplinäres Projekt von Bioinformatikern, Virologen und klinischen Partnern in Köln, Deutschland und in Europa. Ziel ist die Interaktion von HIV, HBV, HCV und anderen Viren mit dem Patienten zu erkennen. Die Erkenntnisse stehen in Form der frei über das Internet verfügbaren Interpretationssysteme (www.geno2pheno.org) zur Verfügung und können zu einer Therapie-optimierung genutzt werden.

Forschungsschwerpunkte

Im Projekt RESINA/HIV-HEP-MASTER wird die Resistenzentwicklung von HIV vor Beginn der ersten Therapie an und bei jedem Therapiewechsel beobachtet. Derzeit beteiligen sich 37 HIV-Zentren aus NRW an diesem Projekt, welches in Zusammenarbeit mit dem RKI betrieben wird. Seit 10 Jahren ist die Analyse der Resistenz nicht nur auf HIV begrenzt, sondern wurde auch auf Hepatitis Viren (B,C) ausgedehnt. Die Analyse von HBV und HCV wird in den Projekten HIV-HEP-MASTER und PEPSI (DZIF-Förderung) durchgeführt. Die Daten dieser Kohorten wurden in die EURESIST-Datenbank integriert und gemeinsam mit den Partnern in Deutschland, Italien, Schweden und Israel ausgewertet. Mit der Analyse des menschlichen HLA-Systems und anderer immunlogischer Parameter wird ein besseres Verständnis für die Therapieplanung angestrebt, welches sich in der Entwicklung von Interpretationssystemen der nächsten Generation niederschlagen wird. Persistierende Virusinfektionen können lebensbedrohliche Komplikationen verursachen und werden derzeit in den Projekten zur CMV-Resistenz, BKPyV- und TTV-Replikation bei Immunsupprimierten bearbeitet.

Auf www.geno2pheno.org kann auf die einzelnen Interpretationsystemen der verschiedenen Viren und Fragestellungen (Resistenz, Co-Rezeptor, Integrale, HCV, HBV) zugegriffen werden.

Weiterführende Informationen zu unseren Arbeiten und Schwerpunkten

Publikationen

Ausgewählte Publikationen

Lübke N, Jensen B, Hüttig F, Feldt T, Walker A, Thielen A, Däumer M, Obermeier M, Kaiser R, Knops E, Heger E, Sierra S, Oette M, Lengauer T, Timm J, Häussinger D. Failure of Dolutegravir First-Line ART with Selection of Virus Carrying R263K and G118R. N Engl J Med 2019; 381(9): 887-9. PubMed

Verheyen J, Thielen A, Lübke N, Dirks M, Widera M, Dittmer U, Kordelas L, Däumer M, de Jong DCM, Wensing AMJ, Kaiser R, Nijhuis M, Esser S. Rapid Rebound of a Preexisting CXCR4-tropic Human Immunodeficiency Virus Variant After Allogeneic Transplantation With CCR5 Delta32 Homozygous Stem Cells. Clin Infect Dis 2019; 68(4): 684-7. PubMed

Heger E, Kaiser R, Knops E, Neumann-Fraune M, Schuelter E, Pironti A, Lengauer T, Walter H, Sierra S. Results of the first international HIV-1 coreceptor proficiency panel test. J Clin Virol 2017; 93: 53-6. PubMed

Knops E, Schübel N, Heger E, Neumann-Fraune M, Kaiser R, Inden S, Kalaghatgi P, Sierra S. HCV Resistance Profile Evolution in a GT1b, DAA-Naive Patient Before, On, and After Failing Triple DAA Therapy. Clin Gastroenterol Hepatol 2017; 15(2): 307-9. PubMed

Kartashev V, Doring M, Nieto L, Coletta E, Kaiser R, Sierra S, group HCVES. New findings in HCV genotype distribution in selected West European, Russian and Israeli regions. J Clin Virol 2016; 81: 82-9. PubMed

Kalaghatgi P, Sikorski AM, Knops E, Rupp D, Sierra S, Heger E, Neumann-Fraune M, Beggel B, Walker A, Timm J, Walter H, Obermeier M, Kaiser R, Bartenschlager R, Lengauer T. Geno2pheno[HCV] - A Web-based Interpretation System to Support Hepatitis C Treatment Decisions in the Era of Direct-Acting Antiviral Agents. PLoS One 2016; 11(5): e0155869. PubMed

Kordelas L, Verheyen J, Beelen DW, Horn PA, Heinold A, Kaiser R, Trenschel R, Schadendorf D, Dittmer U, Esser S. Shift of HIV tropism in stem-cell transplantation with CCR5 Delta32 mutation. N Engl J Med 2014; 371(9): 880-2. PubMed

Lengauer T, Sander O, Sierra S, Thielen A, Kaiser R. Bioinformatics prediction of HIV coreceptor usage. Nat Biotechnol 2007; 25(12): 1407-10. PubMed

Publikationen gesamt

PubMed

Dr. rer. nat. Rolf Kaiser

Dr. rer. nat. Rolf Kaiser, Dipl.-Biol.

Leitung der Arbeitsgruppe Resistenzforschung

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Zur Person

Dr. Rolf Kaiser studierte Biologie in Bonn und promovierte 1990 am Institut für Biochemie. Danach wechselte er an das Institut für Medizinische Mikrobiologie und Immunologie der Universitätsklink Bonn und verlegte seinen Schwerpunkt auf die molekularbiologischen Untersuchungen von Viren und im Besonderen auf virale Resistenzmechanismen. Im Jahre 1999 wechselte Dr. Kaiser an das Institut für Virologie in Köln und baute seinen Schwerpunkt  durch die Entwicklung neuer Untersuchungsmethoden und die Erkenntnisse aus den interdisziplinären Forschungsprojekten weiter aus. Aus diesen Arbeiten konnten entscheidende Erkenntnisse für die optimale Behandlung der HIV, HBV und HCV Infektion gewonnen werden und eine Reihe von Interpretationssystemen wurden erfolgreich in die Diagnostik implementiert (siehe AG Kaiser). Er koordiniert eine Vielzahl von nationalen und internationalen Netzwerken und wurde 2011 für seine wissenschaftlichen Arbeiten zusammen mit T. Lengauer und M. Oette mit dem Heinz Ansmann Preis ausgezeichnet.

Dr. Kaiser ist zertifizierter Fachvirologe (GfV) und leitet seit 2001 die molekulare Diagnostik am Institut für Virologie in Köln.

Forschungsschwerpunkte

  • Molekulare Diagnostik humanpathogener Viren
  • Studien und Kohorten zur Analyse und Verbesserung der HIV, HBV und HCV Therapie
  • Interdisziplinäre Entwicklung von Interpretationssystemen zur Behandlung von Viruserkrankungen
 Claudia Müller

Claudia Müller, Dipl.-Betriebsw.

Projekt- und Personalmanagement

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Das Team

Michael Böhm, M.Sc. Bioinformatik
E-Mail michael.boehm@uk-koeln.de

Dr. med. Veronica Di Cristanziano, Fachärztin
E-Mail veronica.di-cristanziano@uk-koeln.de

Ramona Gilles, Medizindoktorandin

Dr. rer. nat. Eva Heger, Postdoktorandin
E-Mail eva.heger@uk-koeln.de

Dr. rer. nat. Elena Knops, Postdoktorandin
E-Mail elena.knops@uk-koeln.de

Prof. Dr. Thomas Lengauer, Leitung Bioinformatik
E-Mail thomas.lengauer@uk-koeln.de

Priv.-Doz. Dr. rer. nat. Saleta Sierra Aragon, Postdoktorandin
E-Mail saleta.sierra-aragon@uk-koeln.de

Louisa Seebacher, Medizindoktorandin

Hermann Töpker, Medizindoktorand

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