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AG Resistenzforschung
Zielsetzung
AREVIR ist ein interdisziplinäres Projekt von Bioinformatikern, Virologen und klinischen Partnern in Köln, Deutschland und in Europa. Ziel ist die Interaktion von HIV, HBV, HCV und anderen Viren mit dem Patienten zu erkennen. Die Erkenntnisse stehen in Form der frei über das Internet verfügbaren Interpretationssysteme (www.geno2pheno.org) zur Verfügung und können zu einer Therapie-optimierung genutzt werden.
Forschungsschwerpunkte
Im Projekt RESINA/HIV-HEP-MASTER wird die Resistenzentwicklung von HIV vor Beginn der ersten Therapie an und bei jedem Therapiewechsel beobachtet. Derzeit beteiligen sich 37 HIV-Zentren aus NRW an diesem Projekt, welches in Zusammenarbeit mit dem RKI betrieben wird. Seit 10 Jahren ist die Analyse der Resistenz nicht nur auf HIV begrenzt, sondern wurde auch auf Hepatitis Viren (B,C) ausgedehnt. Die Analyse von HBV und HCV wird in den Projekten HIV-HEP-MASTER und PEPSI (DZIF-Förderung) durchgeführt. Die Daten dieser Kohorten wurden in die EURESIST-Datenbank integriert und gemeinsam mit den Partnern in Deutschland, Italien, Schweden und Israel ausgewertet. Mit der Analyse des menschlichen HLA-Systems und anderer immunlogischer Parameter wird ein besseres Verständnis für die Therapieplanung angestrebt, welches sich in der Entwicklung von Interpretationssystemen der nächsten Generation niederschlagen wird. Persistierende Virusinfektionen können lebensbedrohliche Komplikationen verursachen und werden derzeit in den Projekten zur CMV-Resistenz, BKPyV- und TTV-Replikation bei Immunsupprimierten bearbeitet.
Auf www.geno2pheno.org kann auf die einzelnen Interpretationsystemen der verschiedenen Viren und Fragestellungen (Resistenz, Co-Rezeptor, Integrale, HCV, HBV) zugegriffen werden.
Weiterführende Informationen zu unseren Arbeiten und Schwerpunkten
Ausgewählte Publikationen
Lübke N, Jensen B, Hüttig F, Feldt T, Walker A, Thielen A, Däumer M, Obermeier M, Kaiser R, Knops E, Heger E, Sierra S, Oette M, Lengauer T, Timm J, Häussinger D. Failure of Dolutegravir First-Line ART with Selection of Virus Carrying R263K and G118R. N Engl J Med 2019; 381(9): 887-9. PubMed
Verheyen J, Thielen A, Lübke N, Dirks M, Widera M, Dittmer U, Kordelas L, Däumer M, de Jong DCM, Wensing AMJ, Kaiser R, Nijhuis M, Esser S. Rapid Rebound of a Preexisting CXCR4-tropic Human Immunodeficiency Virus Variant After Allogeneic Transplantation With CCR5 Delta32 Homozygous Stem Cells. Clin Infect Dis 2019; 68(4): 684-7. PubMed
Heger E, Kaiser R, Knops E, Neumann-Fraune M, Schuelter E, Pironti A, Lengauer T, Walter H, Sierra S. Results of the first international HIV-1 coreceptor proficiency panel test. J Clin Virol 2017; 93: 53-6. PubMed
Knops E, Schübel N, Heger E, Neumann-Fraune M, Kaiser R, Inden S, Kalaghatgi P, Sierra S. HCV Resistance Profile Evolution in a GT1b, DAA-Naive Patient Before, On, and After Failing Triple DAA Therapy. Clin Gastroenterol Hepatol 2017; 15(2): 307-9. PubMed
Kartashev V, Doring M, Nieto L, Coletta E, Kaiser R, Sierra S, group HCVES. New findings in HCV genotype distribution in selected West European, Russian and Israeli regions. J Clin Virol 2016; 81: 82-9. PubMed
Kalaghatgi P, Sikorski AM, Knops E, Rupp D, Sierra S, Heger E, Neumann-Fraune M, Beggel B, Walker A, Timm J, Walter H, Obermeier M, Kaiser R, Bartenschlager R, Lengauer T. Geno2pheno[HCV] - A Web-based Interpretation System to Support Hepatitis C Treatment Decisions in the Era of Direct-Acting Antiviral Agents. PLoS One 2016; 11(5): e0155869. PubMed
Kordelas L, Verheyen J, Beelen DW, Horn PA, Heinold A, Kaiser R, Trenschel R, Schadendorf D, Dittmer U, Esser S. Shift of HIV tropism in stem-cell transplantation with CCR5 Delta32 mutation. N Engl J Med 2014; 371(9): 880-2. PubMed
Lengauer T, Sander O, Sierra S, Thielen A, Kaiser R. Bioinformatics prediction of HIV coreceptor usage. Nat Biotechnol 2007; 25(12): 1407-10. PubMed
Publikationen gesamt
Das Team
Nils Bardeck, Postdoktorand
E-Mail nils.bardeck@uk-koeln.de
Michael Böhm, M.Sc. Bioinformatik
E-Mail michael.boehm@uk-koeln.de
Dr. rer. nat. Joachim Büch, Postdoktorand
E-Mail joachim.buech@uk-koeln.de
Dr. rer. nat. Eva Heger, Postdoktorandin
E-Mail eva.heger@uk-koeln.de
Dr. rer. nat. Elena Knops, Postdoktorandin
E-Mail elena.knops@uk-koeln.de
Prof. Dr. Thomas Lengauer, Leitung Bioinformatik
E-Mail thomas.lengauer@uk-koeln.de
Dr. rer. nat. Martin Pirkl, Postdoktorand
E-Mail martin.pirkl@uk-koeln.de