AG Immunodynamik und Molekulare Evolution

Zielsetzung

Wir erforschen, wie sich adaptive Immunantworten und Antigene über verschiedene Ebenen und Skalen hinweg anpassen. Unser Ziel ist es, die mechanistischen und evolutionären Faktoren zu verstehen, die B-Zell-Antworten und Antigen-Eigenschaften formen und herauszufinden, unter welchen Bedingungen sich adaptive Immunantworten umlenken lassen.

Forschungsschwerpunkte

Ein zentraler Fokus unserer Forschung liegt auf der B-Zell-Repertoireentwicklung und den Selektionsprozessen, die bestimmen, welche Antikörperantworten sich im Laufe einer Immunreaktion durchsetzen. Dabei untersuchen wir, warum bestimmte Epitope bevorzugt erkannt werden (Immunodominanz) und wie vergangene Immunreaktionen spätere Immunantworten beeinflussen (immunologische Prägung). Diesen Fragestellungen gehen wir unter anderem im Kontext viraler Infektionen wie Influenza nach.

Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf der molekularen und funktionellen Evolution von Antigenen. Wir erforschen, wie strukturelle und funktionelle Einschränkungen, epistatische Effekte und Immundruck die langfristig zugänglichen Evolutionspfade viraler und tumorassoziierter Antigene bestimmen. Ziel ist es, zu verstehen, wie Immunflucht, Antigenfunktion und evolutionäre Anpassung miteinander verknüpft sind und welche Konsequenzen dies für die Vorhersagbarkeit der Antigenentwicklung hat.

Darüber hinaus befassen wir uns mit der systemischen Organisation von B-Zell-Antworten über verschiedene Gewebe und Krankheitskontexte hinweg. Durch vergleichende Analysen von B-Zell-Repertoires in Blut, lymphatischen Organen und tertiären lymphatischen Strukturen in Tumoren untersuchen wir zum Beispiel, wie lokale und systemische Selektionsprozesse zusammenspielen und welche gemeinsamen Prinzipien der B-Zell-Selektion bei Infektionskrankheiten und Krebs existieren.

Aufbauend auf diesen mechanistischen und evolutionären Erkenntnissen entwickeln wir konzeptionelle Ansatzpunkte mit translationaler Perspektive. Die Isolation und funktionelle Charakterisierung monoklonaler Antikörper sowie die Identifikation immunologisch relevanter Antigene und Epitopstrukturen bilden dabei die Grundlage für langfristige Strategien, mit denen Immunantworten rational gesteuert und gezielt umgelenkt werden können.

Methodisch verbinden wir experimentelle Immunologie mit Hochdurchsatz-Repertoire- und Antigenanalysen, biochemischer Charakterisierung sowie computergestützter Modellierung und ausgewählten Ansätzen des maschinellen Lernens, um Immunantworten und Antigenentwicklung auf molekularer und funktioneller Ebene zu erfassen.

Publikationen

Ausgewählte Publikationen

Daniel K,  Ullrich L,  Ruchnewitz D, Meijers M, Halwe NJ, Wild U, Eberhardt J, Stumpf R, Schlotz M, Wunsch M, Girao Lessa L, Dietrich C, Pinger A, Schumacher AL, Germer M, Rohde M, Kukat C, Gieselmann L, Gruell H, Hoffmann D, Beer M, Erren T, Lässig M, Kreer C*, Klein F*. Detection of low pre-existing humoral immunity against influenza virus H5N1 clade 2.3.4.4b in unexposed individuals. Immunity (accepted). 2025

Meder L, Orschel CI, Bouchez CL, Gholamipoorfard R, Orschel CV, Stahl D, Kreer C, Koker M, Nill M, Kocak IG, Noh KW, Zhao X, Ullrich L, Häupl B, Jakob J, Eich ML, Florin A, Grüll H, Wolf J, Beleggia F, Büttner R, Oellerich T, Klein F, Brägelmann J, Reinhardt HC, Abedpour N, Ullrich RT. ERBB2 signaling drives immune cell evasion and resistance against immunotherapy in small cell lung cancer. Nat Commun. 2025 Dec 9. doi: 10.1038/s41467-025-66800-x. Epub ahead of print. PMID: 41361170

Lehmann J, Thelen M, Kreer C, Schran S, Garcia-Marquez MA, Cisic I, Siepmann K, Hagen EM, Eckel HNC, Lohneis P, Kruger S, Boeck S, Ormanns S, Rudelius M, Werner J, Popp F, Klein F, von Bergwelt-Baildon MS, Bruns CJ, Quaas A, Wennhold K, Schlößer HA. Tertiary Lymphoid Structures in Pancreatic Cancer are Structurally Homologous, Share Gene Expression Patterns and B-cell Clones with Secondary Lymphoid Organs, but Show Increased T-cell Activation. Cancer Immunol Res. 2025 Mar 4;13(3):323-336. doi: 10.1158/2326-6066.CIR-24-0299. PMID: 39661055.

Korenkov M, Zehner M, Cohen-Dvashi H, Borenstein-Katz A, Kottege L, Janicki H, Vanshylla K, Weber T, Gruell H, Koch M, Diskin R, Kreer C*, Klein F*. Somatic hypermutation introduces bystander mutations that prepare SARS-CoV-2 antibodies for emerging variants. Immunity. 2023 Nov 22:S1074-7613(23)00485-5. doi: 10.1016/j.immuni.2023.11.004. Epub ahead of print. PMID: 38035879

Schommers P, Kim DS, Schlotz M, Kreer C, Eggeling R, Hake A, Stecher M, Park J, Radford CE, Dingens AS, Ercanoglu MS, Gruell H, Odidika S, Dahlhaus M, Gieselmann L, Ahmadov E, Lawong RY, Heger E, Knops E, Wyen C, Kümmerle T, Römer K, Scholten S, Wolf T, Stephan C, Suárez I, Raju N, Adhikari A, Esser S, Streeck H, Duerr R, Nanfack AJ, Zolla-Pazner S, Geldmacher C, Geisenberger O, Kroidl A, William W, Maganga L, Ntinginya NE, Georgiev IS, Vehreschild JJ, Hoelscher M, Fätkenheuer G, Lavinder JJ, Bloom JD, Seaman MS, Lehmann C, Pfeifer N, Georgiou G, Klein F. Dynamics and durability of HIV-1 neutralization are determined by viral replication. Nat Med. 2023 Nov;29(11):2763-2774. doi: 10.1038/s41591-023-02582-3. Epub 2023 Nov 13. PMID: 37957379

Weber T, Dähling S, Rose S, Affeldt P, Vanshylla K, Ullrich L, Gieselmann L, Teipel F, Gruell H, Di Cristanziano V, Kim DS, Georgiou G, Koch M, Kreer C, Klein F. Enhanced SARS-CoV-2 humoral immunity following breakthrough infection builds upon the preexisting memory B cell pool. Sci Immunol. 2023 Nov 17;8(89):eadk5845. doi: 10.1126/sciimmunol.adk5845. Epub 2023 Nov 17. PMID: 37976348

Kreer C*, Lupo C*, Ercanoglu MS*, Gieselmann L, Spisak N, Grossbach J, Schlotz M, Schommers P, Gruell H, Dold L, Beyer A, Nourmohammad A, Mora T, Walczak AM, Klein F. Probabilities of developing HIV-1 bNAb sequence features in uninfected and chronically infected individuals. Nat Commun. 2023 Nov 6;14(1):7137. doi: 10.1038/s41467-023-42906-y. PMID: 37932288.

Simonis A*, Kreer C*, Albus A, Rox K, Yuan B, Holzmann D, Wilms JA, Zuber S, Kottege L, Winter S, Meyer M, Schmitt K, Gruell H, Theobald SJ, Hellmann AM, Meyer C, Ercanoglu MS, Cramer N, Munder A, Hallek M, Fätkenheuer G, Koch M, Seifert H, Rietschel E, Marlovits TC, van Koningsbruggen-Rietschel S, Klein F, Rybniker J. Discovery of highly neutralizing human antibodies targeting Pseudomonas aeruginosa. Cell. 2023 Oct 27:S0092-8674(23)01084-X. doi: 10.1016/j.cell.2023.10.002. Epub ahead of print. PMID: 37918395.

Gieselmann L*, Kreer C*, Ercanoglu MS, Lehnen N, Zehner M, Schommers P, Potthoff J, Gruell H, Klein F. Effective high-throughput isolation of fully human antibodies targeting infectious pathogens. Nat Protoc. 2021 Jul;16(7):3639-3671. doi: 10.1038/s41596-021-00554-w. Epub 2021 May 25. PMID: 34035500.

Kreer C*, Zehner M*, Weber T, Ercanoglu MS, Gieselmann L, Rohde C, Halwe S, Korenkov M, Schommers P, Vanshylla K, Di Cristanziano V, Janicki H, Brinker R, Ashurov A, Krähling V, Kupke A, Cohen-Dvashi H, Koch M, Eckert JM, Lederer S, Pfeifer N, Wolf T, Vehreschild MJGT, Wendtner C, Diskin R, Gruell H, Becker S, Klein F. Longitudinal Isolation of Potent Near-Germline SARS-CoV-2-Neutralizing Antibodies from COVID-19 Patients. Cell. 2020 Aug 20;182(4):843-854.e12. doi: 10.1016/j.cell.2020.06.044. Epub 2020 Jul 13. PMID: 32673567

* equal contribution

Priv.-Doz. Dr. rer. nat.--Kreer-Christoph
Priv.-Doz. Dr. rer. nat. Christoph Kreer

Leitung der Arbeitsgruppe Immunodynamik und Molekulare Evolution

Das Team

Denise Engel
E-Mail denise.engel1@uk-koeln.de

Leon Ullrich, M. Sc., Doktorand (assoziiert mit der AG Virusimmunologie)
E-Mail leon.ullrich@uk-koeln.de

Katharina Daniel, M. Sc., Doktorandin (assoziiert mit der AG Virusimmunologie)
E-Mail katharina.daniel@uk-koeln.de